根据《水土保持补偿费征收管理办法》第七条内容，开办一般性生产建设项目，按照征占用土地面积计征，现有一光伏企业，水土保持方案为可研阶段，方案中设计损坏水土保持措施面积为125hm2，但实际施工阶段由于征地问题，只征地90hm2（国土文件支持），实际施工过程中也将扰动范围控制在90hm2内，现涉及缴纳水土保持补偿费，企业单位咨询是否可以按照国土的征地文件缴纳该方案水土保持补偿费。 咨询相关水行政主管单位，也再犹豫如何缴纳，因为不清楚确切文件支持补偿费具体缴纳数量，还请提出宝贵建议。

　　您好！感谢您的留言。现答复如下：
　　根据水土保持法及《水土保持补偿费征收使用管理办法》（财综〔2014〕8号）有关规定，您提到的光伏项目属一般性生产建设项目，水土保持补偿费应当按照征占用土地面积计征。需要注意的是，征占用土地面积指的是征占用土地的全部面积，不是其中建设占用的土地面积。
　　针对具体情况，请您进一步了解项目所在省（自治区、直辖市）的有关规定或向当地水行政主管部门咨询。