在组织实施过程中也遇到了一些困难和问题，主要是：一是随着农村税费改革和农民“两工”的逐步取消，部分乡镇的“一事一议”制度落实不到位，使工程的投工投劳受到限制；二是土地使用三十年不变的国家政策，一些坡耕治理工程占地涉及土地调整工作难度大；三是治理费用偏低，配套资金又得不到落实，影响了工程的实施，一些高投入、高新技术难以引进和推广；四是植物措施低、工程管护还有待于加强；五是资金到位较晚，严重影响治理工作的正常开展。